A prevenção da poluição das águas minerais naturais e das águas de nascente é gerida em parceria com as autoridades, comunidades e agricultores locais. As zonas protegidas dos aquíferos podem representar milhares de hectares. Por representar um valor patrimonial e ecológico muito elevado, a legislação portuguesa prêve, desde 1928, a proteção das captações com um perímetro estabelecido. O órgão que garante a pureza e segurança dos recursos geológicos é a Direção Geral de Energia e Geologia. As zonas de proteção são divididas em zonas imediata, intermédia e alargada.